Các mục tiêu trong Chiến lược phát triển KH&CN Việt Nam giai đoạn 2011 – 2020 được xác định tương thích với mục tiêu trong Chiến lược phát triển kinh tế – xã hội giai đoạn 2011 – 2020 được thông qua tại Ðại hội XI của Ðảng và các chiến lược khác hướng tới năm 2020. Theo đó, Chiến lược phát triển KH&CN Việt Nam giai đoạn 2011 – 2020 nêu mục tiêu tổng quát của nền KH&CN nước ta trong tương lai, khuyến khích cộng đồng khoa học và cả xã hội tích cực đóng góp vào sự nghiệp phát triển KH&CN nước nhà. Bên cạnh đó, mục tiêu trong Chiến lược phát triển KH&CN Việt Nam giai đoạn 2011 – 2020 bao gồm nhiều chỉ tiêu cụ thể và được phân ra thành các giai đoạn phát triển (2011 – 2015 và 2016 – 2020). Ðiều này có ý nghĩa: giúp chúng ta định hướng rõ hơn mục tiêu phát triển; tạo thuận lợi hơn cho việc cân đối giữa KH&CN với các ngành khác và giữa các lĩnh vực KH&CN; tạo thuận lợi cho việc kiểm điểm, đánh giá và điều chỉnh chiến lược.
Trong Chiến lược phát triển KH&CN lần này, các vấn đề liên quan đến đổi mới tổ chức hoạt động và quản lý KH&CN được coi là nhiệm vụ trọng tâm trong các định hướng nhiệm vụ phát triển KH&CN giai đoạn 2011 – 2020. Sự thay đổi này thể hiện vai trò quan trọng của cơ chế quản lý và sự quyết tâm tiếp tục đổi mới cơ bản, toàn diện và đồng bộ tổ chức, cơ chế quản lý hoạt động KH&CN, giải phóng năng lực sáng tạo trong hoạt động KH&CN của Ðảng và Nhà nước ta.
Tuy nhiên, đổi mới cơ chế quản lý hoạt động KH&CN hiện vẫn đang là nút thắt khó gỡ nhất trong giai đoạn vừa qua. Mặc dù cơ chế này đã trải qua nhiều giai đoạn đổi mới nhưng cho đến nay vẫn chưa được đổi mới về cơ bản, chưa đồng bộ với cơ chế quản lý kinh tế, vẫn còn nặng về hành chính, chậm chuyển sang kinh tế thị trường và chưa phù hợp với những đặc thù của hoạt động sáng tạo KH&CN. Chính vì vậy, Chiến lược KH&CN giai đoạn 2011-2020 đã đặt ra nhiệm vụ trọng yếu từ nay đến 2020 phải tập trung đổi mới cơ bản, toàn diện và đồng bộ cơ chế quản lý hoạt động KH&CN, nhất là cơ chế đầu tư, sử dụng tài chính và chính sách cán bộ KH&CN. Chẳng hạn, về cơ chế đầu tư, mặc dù đã có nhiều cố gắng, tuy nhiên mức 2% chi ngân sách cho KH&CN vẫn còn thấp so với yêu cầu và so với các nước trong khu vực. Trên thực tế, chi cho nghiên cứu và phát triển trên cán bộ nghiên cứu ở nước ta còn rất khiêm tốn so với các nước trong khu vực.
Như vậy, cần đổi mới mạnh mẽ cơ chế đầu tư cho KH&CN để có thêm nguồn đầu tư cho KH&CN. Trong đó, ngoài nguồn lực của Nhà nước, việc xã hội hóa đầu tư cho KH&CN, nhất là cơ chế tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp đầu tư cho KH&CN là điều hết sức quan trọng.
